日據時期
臺灣戶籍始自明治三十九年建制，分為本籍人口及寄留人口，設有戶口調查簿、正、副簿，分別由警察辦理戶口調查，戶籍登記即由鄉、鎮保甲事務所書記辦理。
光復初期
戶籍登記與戶口管理採雙軌制，分別由民政機關(區公所)與警察機關管理。
戶警合一
民國五十八年七月基於戡亂時期嚴密戶口管理，配合治安需要，試辦戶警合一制度。民國六十二年七月十七日修正、公佈施行戶籍法，將戶政業務由民政單位劃歸警察機關主管，並將鄉鎮市區公所之戶籍課改為各縣市鄉鎮市區戶政事務所，隸屬各縣、市政府警察局，民國八十一年六月二十九日修正戶籍法廢除本籍登記。
戶警分立
隨著動員戡亂時期終止，實施戶警分立，民國八十一年七月一日起戶政業務回歸由民政單位管理。各縣市民政局設戶政課，掌理戶籍行政業務，並督導所轄各戶政事務所辦理戶政業務。
戶政電腦化作業
本所自民國八十五年七月一日起採用戶役政資訊作業系統正式電腦化作業。民國八十六年十月一日起全國連線作業完成
臺南縣、市合併
民國九十九年十二月二十五日配合臺南縣、市合併改制為大臺南市，臺南縣新化鎮、大內鄉、山上鄉戶政事務所名稱變更為臺南市新化區、大內區、山上區戶政事務所。
臺南市37區戶政事務所合併改制為18區戶政事務所
民國106年7月3日臺南市政府實施戶政事務所整併作業，原新化區、大內區及山上區戶政事務所3所合併 ，戶政所名稱變更為臺南市新化戶政事務所。服務轄區包含新化區、大內區、山上區三行政區，合計37里，482鄰，人口數約為60,705人。本所所轄區域地處臺南市中央及偏南隅，為楠西、玉井、左鎮等人口稀疏地區與永康、仁德、東區等人口稠密之間的樞紐地帶。為避免民眾申辦案件返往奔波，本所下設新化、山上及大內辦公處等3個服務據點，秉持「服務地點不變、服務人數不變、服務品質不變」之三不變原則，希望藉由為活絡組織運作，提升行政效能，使服務再升級。
里鄰調整合併里作業
民國107年1月29日臺南市政府實施里鄰調整作業，本所三辦公處轄區由原合計37里，482鄰，人口數約為60,705人，調整為33里，334鄰，人口數約為60,693人。